Les transformateurs mettent régulièrement en question la qualité boulangère du blé bio de production suisse. Afin d'atteindre la qualité boulangère nécessaire dans le cadre de la transformation industrielle, ils doivent incorporer du blé bio étranger de haute qualité, ou du gluten bio qui coûte très cher. Toutefois, une analyse des importations montre que le blé bio de production suisse est de très haute qualité boulangère, en comparaison avec les blé bio européens; seul le blé de printemps canadien, qui bénéficie d'un climat continental et pousse sur de bons sols, a une qualité supérieure. Mais depuis quelques temps, des blés bio d'excellente qualitéboulangère viennent également des pays de l'Est.
Les essais d'Agroscope au Reckenholz, conduits pendant de nombreuses années, ont montré que la qualité boulangère du blé bio indigène n'est pas inférieure à celle du blé non bio, même si les blés bio contiennent en moyenne 1 % de moins de protéines. De leur côté, les essais pratiques du FiBL et les analyses d'échantillons de blé prélevés dans les centres collecteurs dans les cantons d'Argovie et de Zürich ont montré que la qualité boulangère des blés bio remplit dans la plupart des cas les exigences élevées de la transformation industrielle, mais qu'il y a aussi quelques lots à problèmes.
Mais il y a donc quelques sites à problème, sur lesquels le blé bio de variétés top fournit chaque année une qualité moyenne à insuffisante. Sur les parcelles concernées, il est conseillé de passer à la culture de seigle ou d'épeautre.
